12月21日起火车运行图将大调整。其中，广九直通车单程将延长6分钟，且广铁管内列车更换新车底。由于新车卫生间设置了集便装置，如厕后污物不会直接排放铁路。以往广九直通车在香港境内行驶时不方便如厕的问题可彻底解决。
南都记者从一份铁路系统内部文件中获悉，21日列车运行图调整起，广九直通车行车时刻也将发生变化。发车时间将会有调整，单程延长6分钟，这6分钟将增加在广州东-深圳的运行区间中。
此外，21日起广九直通车属广铁集团管内的列车还将统一更换新车型。以往的25Z型列车将全部更换为25T型列车。原先车底日后将换至广梅汕铁路使用。25T型客车是为满足中国铁路第五次大提速而设计制造的空调铁路客车，部分列车目前使用于青藏线。
广九直通车线路上，广铁集团管内的25Z型列车因在香港境内使用洗手间不便而一直为人诟病，此问题待新车更换后将彻底解决。
出现此状况的原因是25Z列车为直排式，未设置集便装置。乘客使用洗手间期间，污物会直接排放至路轨。按照《香港铁路附例》(香港法例第556B章)第6条“垃圾等不得抛在或抛出铁路处所”，无集便装置客车在港段排放污物则会触犯法律。因而属广铁集团管理的车次，过境香港后均会关闭车洗手间，并用车厢广播通知乘客，属港铁管理的车次则不存在这个问题。去年起，广铁集团已逐步在这些列车的4号车厢和7号车厢加装了真空集便器，即过境香港后，每车有2个卫生间可以使用。
南都记者了解到，即将更换的25T型车洗手间均设有真空集便装置，所有的污水、污物均集中收集、排放。行驶至香港境内，乘客如厕将不再是个问题。
